MFL mengesahkan pasukan berikut layak untuk mengambil bahagian. Kejohanan ini terdiri daripada 13 pasukan dari Liga Super dan 3 pasukan dari Liga A1 Semi-Pro.
Musim ini, Liga Bola Sepak Malaysia mengumumkan format baharu di mana hanya 16 pasukan akan terlibat dalam kejohanan ini, berbanding 20 pasukan yang diwakili musim lalu.[2] Peringkat akhir kejohanan akan menampilkan perubahan format: Pusingan pertama akan dimainkan dalam format satu perlawanan tunggal, manakala suku akhir dan separuh akhir akan dimainkan secara timbal balik (tempat sendiri & tempat lawan), kecuali perlawanan akhir yang dimainkan sebagai satu perlawanan tunggal.[3][4]
Majlis undian telah diadakan pada 16 Mei 2024, jam 19:00 (MST) yang disiarkan secara langsung di Astro Arena (801), Astro Arena Bola (803), Astro Go dan YouTube Astro Arena.[5] Pasukan akan dibahagikan kepada balang mereka mengikut kedudukan akhir mereka dalam Liga Super Malaysia 2023, dan pasukan yang dipilih dari Liga Semi-Pro 2024-25 akan mewakili kejohanan tertakluk kepada kelulusan Lembaga Pengarah MFL. Balang A termasuk 8 pasukan terbaik dari Liga Super, Balang B termasuk kedudukan ke-9 hingga ke-13 dari Liga Super. Balang C termasuk tiga pasukan dari Liga Semi-Pro A1. Pasukan diagihkan akan ditarik menentang pasukan tidak diagihkan, dengan pasukan diagihkan menjadi tuan rumah untuk pusingan 16.[6] Undian adalah seperti berikut;
Balang A (diagihkan) (8 pasukan teratas dari Liga Super)
Sebanyak 16 pasukan bermain di pusingan 16. Pusingan ini akan dimainkan dalam format satu perlawanan tunggal, dan terdiri daripada semua kelab dari Liga Super, dan tiga dari Liga Semi-Pro A1. Perlawanan akan dimainkan pada 13–15 Jun 2024.[7][8]