Ha esordito nella massima serie portoghese nella stagione 1993-1994, vincendo il campionato con il Benfica e giocando un minuto nell'ultimo incontro. Dopo alcune stagioni passate nell'Estrela Amadora e nell'Alverca, fu comprato dal Porto.
Nel 2005 venne acquistato, dopo esserci già stato l'anno precedente in prestito, dallo Sporting Braga. Durante la prima stagione al Braga, Santos arrivò a 595 minuti di imbattibilità, solamente 40 in meno del record portoghese, stabilito da Manuel Bento con il Benfica. Nella stagione 2007-2008 giocò solo 12 partite, dopodiché, scaduto il suo contratto, restò svincolato per un anno, finché nel luglio 2009 si accasò all'Estoril-Praia.