CKLF-oliki MARVEL-ski protein 2 sa transmembranskim domenom je protein koji je kod ljudi kodiran genom CMTM2.[5]

CMTM2
Identifikatori
AliasiCMTM2
Vanjski ID-jeviOMIM: 607885 MGI: 2447311 HomoloGene: 88915 GeneCards: CMTM2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za CMTM2
Genomska lokacija za CMTM2
Bend16q21Početak66,579,448 bp[1]
Kraj66,588,275 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za CMTM2
Genomska lokacija za CMTM2
Bend8|8 D3Početak105,048,862 bp[2]
Kraj105,057,396 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija cytokine activity
Ćelijska komponenta membrana
Vanćelijsko
integral component of membrane
Biološki proces Hemotaksija
regulation of signaling receptor activity
GO:0072468 Transdukcija signala
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_144673
NM_001199317

NM_028524

RefSeq (bjelančevina)

NP_001186246
NP_653274

NP_082800

Lokacija (UCSC)Chr 16: 66.58 – 66.59 MbChr 8: 105.05 – 105.06 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Ovaj gen pripada superporodici gena hemokinolikih faktora, novoj porodici koja povezuje hemokine i superporodice transmembranskih proteina 4 superfamilija, superporodice signalizacijskih molekula. Protein koji kodira ovaj gen može imati važnu ulogu u razvoju sjemenika.[5]

Članovi superporodice hemokinolikih protrina, uključujući CKLFSF2, slični su sa hemokinima i transmembranskim proteinom 4 superporodice signalnih molekula.

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 248 aminokiselina, a molekulska težina 27.496 Da.[6].

1020304050
MAPKAAKGAKPEPAPAPPPPGAKPEEDKKDGKEPSDKPQKAVQDHKEPSD
KPQKAVQPKHEVGTRRGCRRYRWELKDSNKEFWLLGHAEIKIRSLGCLIA
AMILLSSLTVHPILRLIITMEISFFSFFILLYSFAIHRYIPFILWPISDL
FNDLIACAFLVGAVVFAVRSRRSMNLHYLLAVILIGAAGVFAFIDVCLQR
NHFRGKKAKKHMLVPPPGKEKGPQQGKGPEPAKPPEPGKPPGPAKGKK
Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

Pregledom baza podataka za sekvence homologa s hemokinolikim faktorom (CKLF), a zatim i RT-PCR biblioteke cDNK sjemenika, Han et al. (2003) klonirali su CKLFSF2. Izvedeni protein od 248 aminokiselina sadrži četiri transmembranska segmenta. CKLFSF2 ima najbližu sličnost sa CKLF, CKLFSF1 i CKLFSF7. Northern blot analizom otkriven je transkript od 1,07 kb, koji je bio visoko eksprimiran u sjemenicima. Nije otkrivena ekspresija u leukocitima i placenti. Također su klonirali dva mišja ortologa CKLFSF2, koje su označili kao Cklfsf2a i Cklfsf2b. Mišji proteini imaju približno 46%, odnosno 48% sličnosti sekvenci sa CKLFSF2.

Mapiranje

uredi

Analizom genomske sekvence, Han et al. (2003) mapirali su gen CKLFSF2 u hromosomu 16, sekvenca 16q22, gdje se nalazi u uskom klasteru gena s genima CKLF, CKLFSF1, CKLFSF3 i CKLFSF4. Gene Cklfsf2a i Cklfsf2b mapirali su u hromosom 8, gdje su ugrađeni u sličan genski klasteri[7] Članovi superporodice hemokinolikih roteina, uključujući CKLFSF2, slični su hemokinima i transmembranskom proteinu 4 superporodice signalnih molekula.

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140932 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000035785 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: CMTM2 CKLF-like MARVEL transmembrane domain containing 2".
  6. ^ "UniProt, Q8TAZ6". Pristupljeno 4. 7. 2021.
  7. ^ Han, W., Ding, P., Xu, M., Wang, L., Rui, M., Shi, S., Liu, Y., Zheng, Y., Chen, Y., Yang, T., Ma, D. Identification of eight genes encoding chemokine-like factor superfamily members 1-8 (CKLFSF1-8) by in silico cloning and experimental validation. Genomics 81: 609-617, 2003. PubMed: 12782130

Dopunska literatura

uredi