Hemokinoliki faktor je protein koji je kod ljudi kodiran genom CKLF.[5][6][7]

CKLF
Identifikatori
AliasiCKLF
Vanjski ID-jeviOMIM: 616074 MGI: 1922708 HomoloGene: 9663 GeneCards: CKLF
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za CKLF
Genomska lokacija za CKLF
Bend16q21Početak66,552,563 bp[1]
Kraj66,566,251 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 8 (miš)
Hrom.Hromosom 8 (miš)[2]
Hromosom 8 (miš)
Genomska lokacija za CKLF
Genomska lokacija za CKLF
Bend8|8 D3Početak104,977,493 bp[2]
Kraj104,991,570 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija chemokine activity
cytokine activity
Ćelijska komponenta integral component of membrane
extracellular region
membrana
Vanćelijsko
Biološki proces lymphocyte chemotaxis
Hemotaksija
macrophage chemotaxis
Ćelijska proliferacija
secretion by cell
neutrophil chemotaxis
leukocyte chemotaxis
regulation of signaling receptor activity
GO:0072468 Transdukcija signala
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_181641
NM_001040138
NM_001040139
NM_016326
NM_016951

NM_181640

NM_001037840
NM_001037841
NM_001286383
NM_029295
NM_029313

RefSeq (bjelančevina)

NP_001035228
NP_057410
NP_058647
NP_857591
NP_857592

NP_001032930
NP_001273312
NP_083571

Lokacija (UCSC)Chr 16: 66.55 – 66.57 MbChr 8: 104.98 – 104.99 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

STS i hibridnim analizama zračenja gen CKLF mapiran u sekvenci u hromosom 16q23. Proizvod ovog gena je citokin. Citokini su mali proteini koji imaju bitnu ulogu u imunskim i upalnim odgovorima. Ovaj gen je jedan od nekoliko gena za hemokinu slične faktore koji se nalaze u grupi na hromozomu 16.

Protein koji kodira ovaj gen moćan je hemoatraktant za neutrofile, monocite i limfocite. Također može stimulirati proliferaciju ćelija skeletnih mišića. Ovaj protein može imati važnu ulogu u upali i regeneraciji tih mišića. Identificirane su alternativno prerađene varijante transkripta koje kodiraju različite izoforme.[7]

Struktura

uredi

Han et al. (2001) utvrdili su da gen CKLF sadrži četiri egzona. Sve varijante sadrže ekgzone 1 i 4, dok su egzoni 2 i 3 alternativno prerađeni.

Xu et al. (2004) otkrili su da posljednji intron CKLF sadrži promotor za nizvodni gen, CMTM1. Promotor sadrži tipski TATA okvir i više mjesta vezivanja za faktor transkripcije. Analiza luciferaze, potvrdila je funkcionalnost promotora. Northern blot i RT-PCR analize pokazale su da su CKLF i CMTM1, koji su odvojeni sa samo 325 bp, nezavisno eksprimirani.

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 152 aminokiseline, a molekulska težina 17.170 Da.[8]

1020304050
MDNVQPKIKHRPFCFSVKGHVKMLRLALTVTSMTFFIIAQAPEPYIVITG
FEVTVILFFILLYVLRLDRLMKWLFWPLLDIINSLVTTVFMLIVSVLALI
PETTTLTVGGGVFALVTAVCCLADGALIYRKLLFNPSGPYQKKPVHEKKE
VL
Simboli

Kloniranje i ekspresija

uredi

Zhang et al. (2000) klonirali su CKLF, koji su nazvali HSPC224, iz CD34 pozitivnih hematopoetskih matičnih /prekursorskih ćelija. Predviđeni protein sa 152 aminokiseline, koji sadrži leucinski zatvarač , snažno je izražen u ćelijskoj liniji promijelocitne leukemije, ali ne i u četiri ostale testirane ćelijske linije.

Korištenjem supresijske suptraktivne hibridizacije za pregled mitogenom stimulirane ćelijske linije ljudskog monocita U937, da bi se identificirali geni koji bi mogli biti inhibirani IL10, nakon čega slijedi RT-PCR, Han et al. (2001) klonirali su četiri varijante CKLF. Izoforme CKLF1, CKLF2, CKLF3 i CKLF4 sadrže 99, 152, 67, odnosno 120 ostataka i dijele uobičajene [[N-kraj|N– i C-terminalne sekvence. Sve četiri izoforme sadrže po tri ostatka cisteina, od kojih su dva organizirana u CC-hemokinskom obrascu. Izoforme CKLF2 i CKLF4 sadrže transmembranske domene kojih nema u CKLF1 i CKLF3. Northern blot analiza ćelija U937 otkrila je transkript od 0,6 kb. RT-PCR ljudskih tkiva pokazao je najvišu ekspresiju CKLF varijanti u slezeni, plucima, sjemenicima, jajnicima, leukocitima periferne krvi, posteljicama i gušterači odraslih, te u fetusnom mozgu, skeletnim mišićima, timusu i srcu, sa nižom ekspresijom u ostalim tkivima odraslih i fetusa. Za većinu tkiva nivoi ekspresije CKLF1 i CKLF2 bili su slični i viši od nivoa CKLF4 i CKLF3, koji su pokazali najnižu ekspresiju. Fluorescentna mikroskopija pokazala je difuznu ekspresiju CKLF1 i ekspresiju CKLF2 i CKLF4 pretežno na ćelijskoj periferiji. Western blot analiza otkrila je CKLF1, ali ne i CKLF2 i CKLF4, u supernatantima ćelija, ukazujući da je CKLF1 izlučeni protein.

Funkcija gena

uredi

Analizirajući hemotaksičku funkciju, Han i sur. (2001) otkrili su da izoforma CKLF1 privlači neutrofile, monocite i limfocite. CKLF1 je takođe pojačao proliferaciju i diferencijaciju ćelija skeletnih mišića miša.[9][10][11]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000217555 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000054400 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Zhang QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J, Hu GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (Nov 2000). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
  6. ^ Han W, Lou Y, Tang J, Zhang Y, Chen Y, Li Y, Gu W, Huang J, Gui L, Tang Y, Li F, Song Q, Di C, Wang L, Shi Q, Sun R, Xia D, Rui M, Tang J, Ma D (Jun 2001). "Molecular cloning and characterization of chemokine-like factor 1 (CKLF1), a novel human cytokine with unique structure and potential chemotactic activity". Biochem J. 357 (Pt 1): 127–35. doi:10.1042/0264-6021:3570127. PMC 1221935. PMID 11415443.
  7. ^ a b "Entrez Gene: CKLF chemokine-like factor".
  8. ^ "UniProt, Q9UBR5". Pristupljeno 3. 7. 2021.
  9. ^ Han, W., Lou, Y., Tang, J., Zhang, Y., Chen, Y., Li, Y., Gu, W., Huang, J., Gui, L., Tang, Y., Li, F., Song, Q., Di, C., Wang, L., Shi, Q., Sun, R., Xia, D., Rui, M., Tang, J., Ma, D. Molecular cloning and characterization of chemokine-like factor 1 (CKLF1), a novel human cytokine with unique structure and potential chemotactic activity. Biochem. J. 357: 127-135, 2001. [PubMed]: 11415443
  10. ^ Xu, M., Han, W., Qian, M., Ma, X., Ding, P., Wang, Y., Xia, D., Rui, M., Wang, L., Zhang, Y., Ma, D. Last intron of the chemokine-like factor gene contains a putative promoter for the downstream CKLF super family member 1 gene. Biochem. Biophys. Res. Commun. 313: 135-141, 2004. PubMed: 14672709
  11. ^ Zhang, Q.-H., Ye, M., Wu, X.-Y., Ren, S.-X., Zhao, M., Zhao, C.-J., Fu, G., Shen, Y., Fan, H.-Y., Lu, G., Zhong, M., Xu, X.-R., and 9 others. Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells. Genome Res. 10: 1546-1560, 2000. [PubMed]: 11042152

Dopunska literatura

uredi

Vanjski linkovi

uredi