C16orf58
Otvoreni okvir čitanja 58 hromosoma 16 ili C16orf58, znan i kao FLJ13638, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C16orf58.[5] Sam gen dug je 18892 bp, sa iRNK od 2760 bp i proteinskom sekvencom od 468 aminokiselina. Postoji konzervirani domen nepoznatog sastava, DUF647. Za ovaj gen još nije utvrđena funkcija, ali se predviđa je u endoplazmatskom retikulumu u citoplazmi.[6]
| C16orf58 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | RUSF1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2384572 HomoloGene: 11232 GeneCards: RUSF1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 16: 31.49 – 31.51 Mb | Chr 7: 127.87 – 127.9 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Struktura
Dužina polipeptidnog lanca je 468 aminokiselina, a molekulska težina 51.018 Da[7].
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MADDAGLETP | LCSEQFGSGE | ARGCRAAADG | SLQWEVGGWR | WWGLSRAFTV | ||||
| KPEGRDAGEV | GASGAPSPPL | SGLQAVFLPQ | GFPDSVSPDY | LPYQLWDSVQ | ||||
| AFASSLSGSL | ATQAVLLGIG | VGNAKATVSA | ATATWLVKDS | TGMLGRIVFA | ||||
| WWKGSKLDCN | AKQWRLFADI | LNDVAMFLEI | MAPVYPICFT | MTVSTSNLAK | ||||
| CIVSVAGGAT | RAALTVHQAR | RNNMADVSAK | DSSQETLVNL | AGLLVSLLML | ||||
| PLVSGCPGFS | LGCFFFLTAL | HIYANYRAVR | ALVMETLNEG | RLRLVLKHYL | ||||
| QRGEVLDPTA | ANRMEPLWTG | FWPAPSLSLG | VPLHRLVSSV | FELQQLVEGH | ||||
| QESYLLCWDQ | SQNQVQVVLN | QKAGPKTILR | AATHGLMLGA | LQGDGPLPAE | ||||
| LEELRNRVRA | GPKKESWVVV | KETHEVLDML | FPKFLKGLQD | AGWKTEKHQL | ||||
| EVDEWRATWL | LSPEKKVL |
Iako je dugo bilo poznato da postoji nekoliko lokacija koja će dati predviđanja o strukturi proteina, C16orf58 , tek nedavno određen je njegov gornji aminokiselinski sastav strukturu. Zaključeno je da ima bar jedan transmembranski domen, ako ne i više. Unutar strukture proteina postoji nekoliko proširenih područja s nenabijenim aminokiselinama, što bi mogli biti mogući transmembranski domeni ili hidrofobna jezgra.[6] Sljedeće prikazuje naboj svake od aminokiselina u sekvenci proteina, + za pozitivne, – za negativne i 0 za nenapunjene. Veliki segmenti nenabijenih aminokiselina su podebljani. Ovi dijelovi nenabijenih aminokiselina konzervirani su u prošlosti u udaljeni ortolozima.
1 00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0 61 0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000 121 0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0 181 0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000 241 0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000 301 0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0 361 0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000 421 +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00
Rasprostranjenje
urediC16orf58 ima vrlo zanimljivu konzerviranost jer se daleki ortolozi nalaze u biljkama i gljivama. Međutim, nidu pronađeni kod gmizavaca, ptica ili vodozemaca. Sljedeća tabela prikazuje neke, ali ne sve, ortologe koji su pronađeni pomoću BLAST-a.[8]
| Vrsta | Uobičajeni naziv organizma | Pristup bazi NCBI | Identitet sekvence (%) | E-vrijednost | Dužina (sminokiselina) | Uobičajeni naziv gena |
| Homo sapiens | Čovjek | NP_073581 | 100 | 0,0 | 468 | C16orf58 |
| Equus caballus | Konj | XP_001495510 | 85% | 0,0 | 468 | PREDVIĐENO: sličan UPF0420 proteinu C16orf58 |
| Canis familiaris | Pas | XP_547054 | 85 | 0,0 | 485 | Sličan CG10338-PA |
| Mus musculus | Miš | Q91W34 | 81 | 0,0 | 466 | cDNK sekvenca BC017158 |
| Monodelphis domestica | Oposum | XP_001370394 | 65 | 3e−160 | 466 | PREDVIĐENO: hipotetski protein |
| Danio rario | Zebrica | NP_001103923 | 53 | 4e−112 | 432 | Hpotetski protein LOC555936 |
| Drosophila melanogaster | Vinska mušica | NP_609897 | 40 | 3e−69 | 395 | CG10338 |
| Arabidopsis thaliana | Grbaštica | AAF81284 | 37 | 2e−68 | 403 | Sličnan proizvodu gena CG10338 Drosophila melanogaster |
| Gallus gallus | Kokoš | NP_989823 | 25 | 0,36 | 1434 | Receptorski tip proteina tirozin-fosfataza U |
| Xenopus tropicalis | Žaba | AAI22058 | 31 | 34 | 268 | Protein Stk19 |
| Saccharomyces cerevisiae | Kvasac | EDZ73379 | 25 | 0,21 | 1578 | YDL140Cp-oliko protein |
| Caenorhabditis elegans | Pljosnata glista | NP_502300 | 19 | 3,0 | 414 | Hipotetski protein M18.6 |
Interakcije s proteinima
urediIako je funkcija još uvijek nepoznata, dokazano je da C16orf58 komunicira s tri različita proteina:
- MVD[9] MVD je skraćenica od disfosfomevalonat dekarboksilaza, enzim koji funkcionira u biosintezi holesterola.[10]
- BSCL2[11] BSCL2 je urođena Bernardinelli-Seipova lipodistrofija 2, ili seipin.[12] Nalazi se u endoplazmatskom retikulumu i smatra se važnim u morfologiji lipidnih kapljica.
- TSC22D4[11] Treći protein u interakciji je TSC22D4, član porodice domena TSC22 4 i funkcionira kao translacijski regulator leucinskog zatvarača.[13]
Reference
uredi- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140688 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030780 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: C16orf58". Pristupljeno 6. 5. 2009.
- ^ a b "SDSC Biology Workbench". San Diego Supercomputer Center. Pristupljeno 7. 5. 2009. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
- ^ "UniProt, Q96GQ5". Pristupljeno 1. 7. 2021.
- ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool". National Center for Biotechnology Information, United States National Institutes of Health. Pristupljeno 7. 5. 2009. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
- ^ "STRING: functional protein association networks". EMBL.de. Pristupljeno 7. 5. 2009. CS1 održavanje: nepreporučeni parametar (link)
- ^ "Entrez Gene: MVD mevalonate (diphospho) decarboxylase". Pristupljeno 6. 5. 2009.
- ^ a b "mint database". Arhivirano s originala, 6. 5. 2006. Pristupljeno 7. 5. 2009.
- ^ "Entrez Gene: BSCL2 Bernardinelli-Seip congenital lipodystrophy 2 (seipin)". Pristupljeno 6. 5. 2009.
- ^ "Entrez Gene: TSC22D4 TSC22 domain family, member 4". Pristupljeno 6. 5. 2009.
Vanjski linkovi
uredi- Lokacija ljudskog genoma C16orf58 i stranica sa detaljima o genu C16orf58 u UCSC Genome Browseru.