Kota ini disebutkan pertama kali pada 810 dan menerima UU kota pada 1260, yang menjadikannya kota tertua di Austria. Menjadi benteng dan persimpangan jalur perdagangan penting, berkaitan dengan perdagangan garam dan dengan LaLin kapal di Sungai Inn. Sepanjang sejarahnya kota ini berpindah tangan 4 kali. Menjadi bagian Bavaria sampai 1779 dan menjadi kota Austria di bawah persyaratan perjanjian Teschen, yang menyudahi Perang Suksesi Bayern. Sebagai kota utama Bayern (Bavaria) kota ini memainkan peran penting dalam pemberontakan Bayern terhadap pendudukan Austria selama Perang Suksesi Spanyol, saat menuanrumahi Parlemen Bayern pada 1705 yang diketuai Sebastian Plinganser. Lagi antara 1809 dan 1816 menjadi kota Bayern di bawah syarat-syarat perjanjian Bratislava. Pada 1816 Bavaria menyerahkan kota ini kepada Austria, saat Eropa diatur kembali setelah Peperangan Napoleon. Sejak saat itu menjadi kota di Austria. Bayern diganti rugi di muka dengan penyerahan Aschaffenburg.
Braunau juga dikenal sebagai tempat kelahiran Adolf Hitler pada 1889. Di luar bangunan tempatnya dilahirkan ada batu peringatan yang memperingati horor PD II.